采用增加离子强度的方法洗脱蛋白质时，通常选用某种非缓冲盐类，zui常用的是NaCl，添加到起始缓冲液中，构成了洗脱缓冲液。在进行色谱分离时，洗脱缓冲液中的缓冲物质固然会影响到色谱效果，实际上非缓冲盐的种类和性质同样会影响到色谱时的分辨率和选择性，使用不同的非缓冲盐离子时，可能造成不同物质被洗脱的先后顺序发生变化，因此非缓冲盐的选择同样具有重要意义。

在前面离子交换理论部分讨论过，价态高的离子与交换剂的结合力更强，所以一般情况下，多价离子是比一价离子更好的置换离子，它们能使蛋白质比较早被洗脱下来 （保留值小）。所以在阳离子交换剂上，蛋白质的保留值与置换离子的关系为：Ba2+＜Ca2+＜Mg2+＜NH4+＜K+＜Na+＜Li+，但也存在例外，比如对于溶菌酶来说，NH₄+是比Mg₂+更有效的置换离子。在选择置换离子时，应当考虑到多方面的因素，强的置换离子能有效缩短色谱时间，但往往也降低蛋白质回收率。一般情况下选择置换能力居中的盐离子较为合适，在洗脱与交换剂牢固结合的蛋白质时，选用强的置换离子具有优势。

不但置换离子，洗脱盐中与功能基团带同种电荷而不参与离子交换过程的离子也会影响到蛋白质的色谱行为，原因也有多种。有些是因为离子与蛋白质发生作用导致的。此外，二价离子如Ca2+和Mg2+能与蛋白质分子中的酰胺基形成复合物而影响到其色谱行为。

总之，离子对色谱行为的影响是多方面的，没有一定的规律。在首ci进行色谱分离时，可优先选择比较通用的一些缓冲物质和盐类，在此基础上再进一步优化。