柱层析是色谱法中应用比较广泛的一种分离提纯方法，其在工业生产中已经成为一个独立的操作单元。由于被分离物质的品种繁多、结构各异，所以在选择分离方法及分离介质时要根据具体情况进行确定，以达到最佳的经济效益。通常生物技术下游处理程序，可概括为三步：预处理，中级纯化，精制纯化。各个阶段达到的目的不同，被处理的料液也不相同。

1. 预处理阶段，料液量大且成分比较复杂，含有多种杂质，目标产物浓度有时会很低，所以此阶段主要是对目标产物进行提取、分离，达到浓缩的目的。此阶段需要选择工作容量大、抗污染、使用寿命长且价格低廉的分离方法及层析介质。

2. 中度纯化，初步分离出来的物质需要中度纯化，此阶段适合选择性强、容量大的分离方法及层析介质。

3. 精制纯化，这阶段的料液往往比较少，杂志含量也少，但是对目标产物的纯度要求很高，必须选用高选择性、高分辨率的分离方法和层析介质。

层析分离方法根据其原理和特点不同，分类也不同，在下游处理中有较大的选择范围。本着达到协同的高效、快速、经济的目的，根据各阶段的特点要采用不同的分离纯化方法。

比如在预处理阶段，样品体积大、杂志质含量高、黏度高、有颗粒存在，此时要求在最快的速度下处理大量样品，所以一般采用吸附性介质，如离子交换层析介质和疏水层析介质。

为得到最终高纯度的目标物，以去除少量的污染物、异构体或多聚体为目的，可采用高分辨率高回收率的凝胶过滤层析介质。详细的分类可以参考下表：